Flora Rothenburga podzielona jest na trzy obszary: dolinie Renu, zbocza doliny Renu i region alpejski. W Rothenburgu rośnie 1600 gatunków roślin, 800 z nich stanowi florę górską. 48 gatunków storczyków i bogaty naturalnie obszar Ruggeller Riets są szczególnie godne uwagi.